XBeeファームウェアが何らかの原因で飛んだとき,

・PC settingsのTest/Queryでは通信できている
・ModemConfigurationdeでReadできない,ファームが古いといわれ
 設定が吸い出せない。

等の症状が出ました。
下記手順でのファーム強制書き換えで無事使えるようになりました。
参考にしたサイトの抜粋。

XbeeをエクスプローラUSBから外した状態でエクスプローラUSBをPCに接続して
  X-CTU起動。ここ重要です。
②そしたらいつもどおりにCOMポートの選択、
  このとき通信チェックしてもダメな状態だと思います。
  もちろん設定読み出しなんかもできません。
③[ModemConfiguration]タブに移動。
④Modem, Function Set, Versionを選択(選ぶものは生きているXBeeを参考にする)
チェックボックス,Always Updataにチェックを入れて、Write。
⑥当然Xbeeがねーよ的なポップアップメッセージが出る。そしたらここでXbeeを挿す。
 
  後は何も押さずに勝手にファーム書き込みが始まります。
  失敗する場合もあるらしいけど何回か繰り返せば成功するみたい。

<参考>
http://d.hatena.ne.jp/zimudomuzidomu/20100112/1263288442